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Publication d'un article dans Molecular Ecology Resources

Publié par Stéphane Garnier - 29-01-2017

Malgré leur polymorphisme inférieur, les microsatellites développés à partir de séquences exprimées ont une puissance plus importante que les microsatellites génomiques pour détecter une faible différenciation.

Cette étude compare les performances relatives de deux types de marqueurs microsatellites (d'une part des microsatellites développés à partir de séquences exprimées (EST-SSRs) et d'autre part des microsatellites génomiques) pour détecter de la différenciation génétique chez trois espèces d'oiseaux des Petites Antilles présentant des niveaux de structuration génétique différents. Elle montre que ces performances relatives varient en fonction du niveau de différenciation étudié. Le résultat le plus surprenant est qu'en dépit de leur niveau de variabilité inférieur, les EST-SSRs peuvent être plus puissants que les microsatellites génomiques pour détecter un patron de faible structuration génétique. Ce résultat remet en cause la pratique courante consistant à choisir les locus les plus polymorphes pour étudier la structure génétique des populations. Cette étude montre également l'intérêt des EST-SSRs dans les études de génétique de la conservation, en particulier chez des espèces pour lesquelles le développement de marqueurs génomiques spécifiques reste plus délicat. Ces résultats viennent d'être publiés dans la revue Molecular Ecology Resources (voir la section Projet/Résultats). 

Référence de l'article : Khimoun A, Ollivier A, Faivre B, Garnier S (2016) Level of genetic differentiation affects relative performances of expressed sequence tag and genomic SSRs. Molecular Ecology Resources, sous presse.